复旦大学附属肿瘤医院胃外科在胃及软组织外科的基础上，于2016年11月成立。王亚农主任担任科室首任主任及胃癌多学科首席专家。科室除以胃癌的临床诊治为重点外，还积极开展胃肠间质瘤的临床诊治及科研工作。先后承担863、国家自然科学基金重点项目、面上项目、青年项目及省部级重点科研项目等多项国家级科研项目，科研经费累及数百万元。科室大力推动胃癌多学科MDT建设，参与多项国际国内的临床研究，研究结果被引用于中国的多项临床诊疗指南中。学科依托复旦大学上海医学院肿瘤学系，已成为研究生、住院医师以及专科医师临床与科研培训基地。成为国内领先、国际一流的集医疗、教学、科研为一体的外科临床医疗中心。

      2023年随着浦东院区的发展，为实现医院的“一体两翼”的跨越式发展，在原胃外科基础上于浦东院区成立了胃外二科，刘凤林教授担任科室主任，科室目前拥有开放床位41张，有教授、主任医师2名，副教授、副主任医师5名，主治住院医师5名。科室积极推行规范的胃癌规范化治疗，包括胃癌根治术、围手术期综合治疗、晚期胃癌转化治疗、胃肠间质瘤规范性综合治疗及全程管理等。