2011年度教育部奖在同行专家网络评审的基础上，召开了专家评审会，评出了拟授奖项目。经教育部奖励委员会审核，教育部领导批准，授奖项目为297项（其中：一等奖115项，二等奖182项）。
我校作为第一完成单位的项目获一等奖5项，二等奖5项，参与项目获一等奖2项，二等奖3项。
作为第一完成单位的获奖项目如下：
序号 | 奖种 | 等级 | 名称 | 完成人 | 完成单位 |
1 | 自然奖 | 一等 | 东亚人群和混合人群基因组的连锁不平衡研究 | 金力,徐书华,黄薇,何云刚,陈竺 | 生命学院 |
2 | 自然奖 | 一等 | 非线性波动方程解的适定性 | 周忆,雷震,杜毅 | 数学学院 |
3 | 自然奖 | 一等 | 抗原-抗体复合物免疫治疗乙肝病毒感染的机理研究 | 闻玉梅,袁正宏,瞿涤,赵铠,姚忻,汪萱怡 | 医学院 |
4 | 自然奖 | 一等 | 缺血性脑损伤修复的分子和细胞机制 | 孙凤艳,侯尚伟,李学君,王永权,张嵘 | 医学院 |
5 | 进步奖 | 一等 | 结直肠癌肝转移的外科和综合治疗 | 秦新裕,许剑民,樊嘉,牛伟新,任黎,钟芸诗,韦烨,曾蒙苏,王建华,叶青海,刘天舒,朱德祥 | 中山医院 |
6 | 自然奖 | MEMS生物化学传感器及基础力学问题研究 | 周嘉,鲍敏杭,黄宜平,孔继烈,黄洪湖,谢海芬 | 信息学院 | |
7 | 进步奖 | 二等 | 基于湿热蕴结病机的清热化湿法为主治疗胰腺癌的临床及应用研究 | 肿瘤医院 | |
8 | 进步奖 | 二等 | 乳腺癌社区筛查和早期诊断模式的建立、临床推广和基础研究 | 邵志敏,沈镇宙,余科达,柳光宇,吴炅,胡震,曹阿勇,狄根红,陆劲松,欧周罗,金伟,侯意枫 | 肿瘤医院 |
9 | 自然奖 | 二等 | 编码理论中若干问题的研究及应用 | 阚海斌,陆佩忠,李伟 | 计算机学院 |
10 | 自然奖 | 二等 | 大气气溶胶的形成和转化机制及其对城市空气质量和全球变化的影响 | 庄国顺,黄侃,郭志刚,陈建民 | 环科系 |