项目名称：肿瘤医院结直肠癌代谢组学检测：申康示范性临床队列建设项目：上海市结直肠癌生物样本多组学数据库的建设
项目预算：51万
项目需求：
本项目包括肿瘤医院200例组织样本靶向代谢组&非靶向代谢组&蛋白质组学检测及1000例血浆样本的蛋白质组检测。需求如下：
基于LC-MS/MS（液相色谱 - 串联质谱）技术平台及合规商品化试剂盒，对300种以上小分子代谢产物开展绝对定量检测与分析服务。
1.1样本规格：血样：<30uL；
1.2检测方法要求
1.2.1★需采用商品化试剂盒完成300种及以上小分子代谢产物检测，覆盖氨基酸、短链脂肪酸、中长链脂肪酸、酚类、吲哚、有机酸、胆汁酸、肉碱、糖类及碳水化合物等类别，检测体系包含至少60种同位素内标，提供完整内标检测证明；
1.2.2★提供检测方法的方法学验证数据，包括但不限于线性范围、检出限（LOD）、定量限（LOQ）、精密度、准确度等关键指标。；
2、数据分析要求
2.1质控体系：需纳入标准品混合物、同位素内标、混合生物样本及空白样本四类质控样本，全程参与检测流程以保障数据可靠性。
2.2数据分析
2.2.1定量计算：采用内标法进行绝对定量，提供150种及以上小分子代谢产物的准确绝对浓度数据；
2.2.2★每种物质提供5点以上标准曲线，同位素内标数量不少于60个；
2.2.3★ 质控样本（QC）的相对标准偏差RSD≤30% ，提供数据证明
2.2.4统计分析：提供主成分分析（PCA），偏最小二乘判别分析（PLS-DA），正交偏最小二乘判别分析(OPLS-DA)等多维及单维统计结果；
2.2.5提供差异代谢物筛选单维统计分析、多维统计结果，并能提供相应的箱线图、韦恩图、热图等；
2.2.6提供潜在生物标志物筛选分析结果，并具有相应的箱线图、小提琴图等；
2.2.7进行通路分析，提供KEGG及GO富集分析数据及图片；
2.2.8对潜在生物标志物进行诊断实验，包括随机森林（Random Forest，RF）、支持向量机（Support Vector Machine，SVM）和Boruta分析等；
2.2.9个性化分析：按需提供相关分析，多组学联合分析，建模分析及聚类分析服务；
3、项目验收要求
3.1 质控指标：质控样本（QC）的相对标准偏差（RSD）≤30%
3.2定量结果：提供各组样本中检出代谢物的绝对浓度数据汇总表
3.3统计图表：提供 PCA 得分图、PLS-DA 得分图、OPLS-DA 得分图
3.4 通路分析：提供完整的 KEGG 及 GO 富集分析数据与可视化图
3.5 报告完整性：验收资料需包含检测原始数据、分析过程说明、统计结果、可视化图表及完整分析报告。
1、代谢组学检测技术要求
1.1检测平台：Thermo Orbitrap Exploris 480质谱仪。
1.2数据库：3万+代谢物和100万+谱图的数据库（自建库+公共库）
1.3质谱参数：HILIC色谱分离后的ESI源条件如下：雾化气辅助加热气 （Gas1）：60，辅助加热气2（Gas2）：60，气帘气（CUR）：30，离子源温度：600℃，喷雾电压（ISVF）±5500 V（正负两种模式）；一级质荷比检测范围：60-1000 Da，二级质荷比检测范围：25-1000 Da，一级质谱扫描累积时间：0.20 s/spectra, 二级质谱扫描累积时间：0.05 s/spectra；二级质谱采用information dependent acquisition （IDA）获得，并且采用 high sensitivity 模式，去簇电压（DP）：±60 V（正负两种模式），碰撞能量 ：35±15 eV，IDA 设置如下：动态排除同位素离子范围：4 Da，每次扫描采集10个碎片图谱。
1.4数据处理：采用XCMS程序进行峰对齐、保留时间校正和提取峰面积。对XCMS提取得到的数据首先进行代谢物结构鉴定、数据预处理（空值过滤：删除缺失值＞50%的离子峰；空值填充：KNN 填充：数据过滤：过滤 RSD>50%的feature）。 1.5分析内容：鉴定结果与统计分析（代谢物鉴定数量统计、代谢物化学分类归属统计）；组间差异分析（单变量统计分析、多维统计分析）；差异代谢物生物信息学分析（差异数倍分析、韦恩分析、丰度分析、层次聚类分析、相关性分析、KEGG分析、MetPA分析、MSEA分析、ROC分析）；其它分析（WGCNA分析、临床指标关联分析、集成机器学习分析）和质控分析（QC样本总离子流图的比较、总体样本主成分分析、QC样本相关性、总体样本Hotelling‘s T2检验、QC样本的多变量控制图、QC样本的相对标准偏差）。
1、蛋白组学检测技术要求
1.1检测平台：超高压液相色谱-质谱联用仪Orbitrap Astral mass spectrometer（Thermo Scientific）平台。
1.2仪器参数：DIA分析采用纳升流速 Vanquish Neo系统(赛默飞)进行色谱分离，纳升级高效液相色谱分离后的样品用使用OrbitrapTM AstralTM mass spectrometer上机检测，单次上机检测时长为16 min。检测模式：正离子，母离子扫描范围为 380-980m/z，一级质谱分辨率为 240000 at 200 m/z，Normalized AGC Target 为500%，Maximum IT 为 5ms。MS2 采用 DIA 数据采集模式，设置299个扫描窗口，Isolation Window为2m/z，HCD Collision Energy为25ev，Normalized AGC Target为500%，Maximum IT 为 3ms。数据库检索鉴定到的蛋白必须通过设定的过滤参数 FDR<1%。；实时监测项目进度，包括从送样到核样、领样、实验、到数据分析，至发送报告，每一步有迹可循，做到随时跟踪，及时反馈；Bradford定量，质控样本蛋白含量是否满足实验需求，等量进行后续实验保证定量检测的准确性；SDS-PAGE结果，质控每例样本蛋白完整性。
1.3分析软件：采用DIA-NN 1.8.1软件进行数据检索，搜库参数的阈值为默认值。
1.4分析内容：鉴定数量统计（统计表格、PCA、venn、皮尔森相关性分析、RSD分析和蛋白丰度分析）；表达差异分析（统计表格、火山图、箱线图、聚类分析、雷达分析）；差异蛋白功能注释（亚细胞定位、结构域分析、GO功能、KEGG通路分析、Reactcom通路分析、WikiPathways通路分析、GSEA分析等）；其他生信分析（转录因子分析、激酶分析、互作网络分析、WGCNA分析）、DIA实验QC及样本质控（平均半峰宽分析、肽段长度分析、Pretein FDR分析、QC样本CV分布、QC样本PCA分布、QC样本相关性、样本定量强度分布、组间样本定量强度分布、内标iRT保留时间分析）。
五、项目周期
自收到采购人提交的样品后40个工作日内完成全部检测、数据分析及报告交付工作。
六、其他需求
1、人员配备：具有生物医药等相关专业背景或资格证书。
2、有针对本项目的管理制度、监管安全措施等。
3、针对安全突发事件提供应急响应，提供7*24小时电话，远程响应和现场支持。
4、有相关培训方案或实施计划。
5、有相关业绩优先。
技术参数联系人：李老师 18121299426
参与本项目论证报名联系：赵老师 021-3477 7392
备注：有意向单位，于2025年12月4日17:00之前，将单位名称、联系人姓名、电话、参与的论证项目名称等报名信息，发至此邮箱459188955@qq.com
采购需求调查表-上海市结直肠癌生物样本多组学数据库的建设服务.docx
